Da gibt es nur zwei Wege: Farmen oder im Mehrspieler spielen.
Im Mehrspieler zählen die Rubine doppelt, wenn alle Spieler volle Lebensenergie haben. Das nennt sich "Rubinfieber" und ist superpraktisch, besonders im Zwei-Spieler-Modus leicht machbar... natürlich brauchst du eben einen zweiten Spieler dafür.
Alleine musst du wohl oder übel Rubine farmen, indem du die respawnenden Gegner immer wieder besiegst. Empfehlenswert sind dabei Gegner, die große Rubine fallen lassen, aber nicht zu schwer zu besiegen sind. Ich bevorzuge vor allem Gibdos (am Besten wenn man einen Bumerang hat) und Bogenschützen-Moblins. Du solltest in allen drei Stages mindestens ein Areal finden können, wo eines der beiden Gegner auftaucht.
Alternativ kannst du es natürlich einfach so lange versuchen, bis du es einfach so schaffst. Das geht, aber es gehört jede Menge Glück dazu. In der Regel bekommst du meist so um die 3000 bis 4000, wenn du gründlich alles abgrast. Aber ich habe auch schon ohne zu farmen über 5000 Rubine erwirtschaftet, es gehört halt viel Glück dazu (welches Areal man hat, was sich in den Schatztruhen befindet und wieviele Rubinsplitter du finden kannst, ist alles Zufall). Auf Schnelligkeit zu setzen bringt meist nur bei den Bosskämpfen etwas. Der maximale Bonus beträgt 1000 Rubine, du bekommst eigentlich immer mehr, wenn du dir Zeit lässt und alles abgrast.