Ich denke was man wirklich erwarten kann ist, dass sie die Miniboss-Höhle in Ikana ausbauen und wahrscheinlich werden sie auch stärker (oder eher überhaupt) darauf hinweisen, wo sie zu finden ist. Man könnte das leicht erweitern und ein Zeit/Punktesystem schaffen und vielleicht auch die großen Bosskämpfe leichter "ansteuerbar" machen. Soetwas gibt es ja meines wissens schon bei OoT 3D, aber ich weiß nicht, ob das dort mit einem anwählbaren Punkt im Hauptmenü gelöst wurde, oder auch mit einem Ort, den man besuchen muss.
Was es in OoT und in der Neuauflage meines Wissens nicht gibt, sind erneute Kämpfe gegen Minibosse, da ist MM dem Vorgänger vorraus.
Was außerdem vielen Spielern helfen würde, wäre eine bessere Übersichtlichkeit, insbesondere im Wassertempel. Ich denke es war schon in OoT das Wasser daran schuld, dass es eine weitere "Dimension" gab, was die Position von Gängen und Durchgängen betrifft denn diese sind mit einer 2D-Karte einfach nicht vernünftig darstellbar. Denkbar wäre für diesen Zweck also eine rotierbare 3D-Karte, die eine Miniaturversion der Tempel zeigt, und Schatztruhen und die Spielerposition wie gehabt erst auftauchen, wenn man Karte und Kompass hat. Das würde sicher auch beim Felsenturm helfen und die Sache ziemlich stark entschärfen. Außerdem wäre es witzig, wenn grade im letzten Tempel die Karte plötzlich auf dem Kopf stehen würde.